Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que le choix d'un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience. Le jeu présente deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique, dont l'inclusion a généré une discussion pré-libérée.
Des inquiétudes se sont présentées que se concentrer sur un personnage pourrait conduire à des éléments d'histoire manqués ou à un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: il alterne entre Naoe et Yasuke, en jouant plusieurs heures avec l'un avant de passer à l'autre.
Cependant, Dumont souligne que les joueurs ne sont pas pénalisés pour favoriser un seul personnage. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le récit principal s'adapte au choix du joueur. Il encourage les joueurs à jouer comme personnage préféré:
"Je ne crois pas que vous manquerez beaucoup. Cela dépend de votre style de jeu. Vous pourriez expérimenter pour voir comment le jeu s'adapte à votre sélection de personnage. Chaque héros a sa propre introduction et ses quêtes dédiées, mais l'expérience de base est adaptable.
