O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que a escolha de um único protagonista não afetará significativamente sua experiência. O jogo apresenta dois personagens jogáveis: Naoe, uma fêmea Shinobi e Yasuke, um samurai africano histórico, cuja inclusão gerou discussão pré-lançamento.
Surgiram preocupações de que o foco em um personagem pode levar a elementos ou jogabilidade perdidos. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: ele alterna entre Naoe e Yasuke, jogando várias horas com uma antes de mudar para o outro.
No entanto, Dumont enfatiza que os jogadores não são penalizados por favorecer um único personagem. Enquanto cada protagonista possui sequências de abertura exclusivas e histórias pessoais, a narrativa principal se adapta à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a interpretar como seu personagem preferido:
"Eu não acredito que você perderá muito. Depende do seu estilo de jogo. Você pode experimentar para ver como o jogo se adapta à sua seleção de personagens. Cada herói tem sua própria introdução única e missões dedicadas, mas a experiência principal é adaptável.