हत्यारे के पंथ छाया के प्रमुख डेवलपर ने खिलाड़ियों को आश्वासन दिया कि एक एकल नायक चुनना उनके अनुभव को काफी प्रभावित नहीं करेगा। खेल में दो खेलने योग्य पात्र हैं: नाओ, एक महिला शिनोबी, और यासुके, एक ऐतिहासिक अफ्रीकी समुराई, जिनके समावेश ने पूर्व-रिलीज़ चर्चा उत्पन्न की है।
चिंताएं पैदा हुईं कि एक चरित्र पर ध्यान केंद्रित करने से कहानी के तत्व या गेमप्ले को याद किया जा सकता है। क्रिएटिव डायरेक्टर जोनाथन ड्यूमॉन्ट ने इन चिंताओं को संबोधित किया, अपने स्वयं के संतुलित दृष्टिकोण का वर्णन करते हुए: वह नाओ और यासुके के बीच वैकल्पिक रूप से, दूसरे पर स्विच करने से पहले एक के साथ कई घंटे खेलते हैं।
हालांकि, ड्यूमॉन्ट इस बात पर जोर देता है कि खिलाड़ियों को एक ही चरित्र के पक्ष में नहीं है। जबकि प्रत्येक नायक अद्वितीय उद्घाटन अनुक्रमों और व्यक्तिगत स्टोरीलाइन का दावा करता है, कोर कथा खिलाड़ी की पसंद के लिए तैयार होती है। वह खिलाड़ियों को अपने पसंदीदा चरित्र के रूप में खेलने के लिए प्रोत्साहित करता है:
"मुझे विश्वास नहीं है कि आप बहुत कुछ याद करेंगे। यह आपकी खेल शैली पर निर्भर करता है। आप यह देखने के लिए प्रयोग कर सकते हैं कि खेल आपके चरित्र चयन के लिए कैसे अनुकूलित करता है। प्रत्येक नायक का अपना अनूठा परिचय और समर्पित quests है, लेकिन मुख्य अनुभव अनुकूलनीय है।
