Lo sviluppatore principale di Assassin Creed Shadows assicura ai giocatori che la scelta di un singolo protagonista non avrà un impatto significativo sulla loro esperienza. Il gioco presenta due personaggi giocabili: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, la cui inclusione ha generato discussioni pre-release.
Sono sorse le preoccupazioni che concentrarsi su un personaggio potrebbero portare a elementi o gameplay mancati. Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio equilibrato: alterna tra Naoe e Yasuke, giocando diverse ore con una prima di passare all'altra.
Tuttavia, Dumont sottolinea che i giocatori non sono penalizzati per favorire un singolo personaggio. Mentre ogni protagonista vanta sequenze di apertura uniche e trame personali, la narrativa principale si adatta alla scelta del giocatore. Incoraggia i giocatori a giocare come personaggio preferito:
"Non credo che ti perderai molto. Dipende dal tuo stile di gioco. Potresti sperimentare per vedere come il gioco si adatta alla selezione del tuo personaggio. Ogni eroe ha la sua introduzione unica e missioni dedicate, ma l'esperienza principale è adattabile.