Pemaju utama Assassin's Creed Shadows 'memberi jaminan kepada pemain bahawa memilih protagonis tunggal tidak akan memberi kesan kepada pengalaman mereka. Permainan ini mempunyai dua watak yang boleh dimainkan: Naoe, seorang wanita shinobi, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah, yang dimasukkannya telah menghasilkan perbincangan pra-pelepasan.
Kebimbangan timbul yang memberi tumpuan kepada satu watak mungkin membawa kepada elemen cerita yang tidak dijawab atau permainan. Pengarah Kreatif Jonathan Dumont membincangkan kebimbangan ini, menggambarkan pendekatan seimbangnya sendiri: dia bergilir antara Naoe dan Yasuke, bermain beberapa jam dengan satu sebelum beralih ke yang lain.
Walau bagaimanapun, Dumont menekankan bahawa pemain tidak dihukum kerana memihak kepada watak tunggal. Walaupun setiap protagonis mempunyai urutan pembukaan yang unik dan jalan cerita peribadi, naratif teras menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dia menggalakkan pemain bermain sebagai watak pilihan mereka:
"Saya tidak percaya anda akan terlepas banyak. Ia bergantung pada gaya permainan anda. Anda mungkin bereksperimen untuk melihat bagaimana permainan ini menyesuaikan diri dengan pemilihan watak anda. Setiap wira mempunyai pengenalan unik mereka sendiri dan pencarian berdedikasi, tetapi pengalaman teras adalah disesuaikan.